Добрый день!
В данном случае наверное можно воспользоваться обработкой выгрузки данных в идентичную конфигурацию выгрузив данные из одной базы в другую, затем пройтись обработкой поиска и замены дублей для того что бы скорректировать дублирующуюся справочную информацию.