В Правилах выписки ЭСФ установлено, что если счет-фактура выписан на бумажном носителе  и в электронной форме, то основанием для отнесения НДС в зачет получателем товаров, работ, услуг является счет-фактура, выписанный в электронной форме (подробнее Какой документ указать в реестре 300.08, если поставщик выставил два счета-фактуры (бумажный, затем электронный)?) Покупатель вправе на основании ЭСФ, выписанного позже установленного срока,  принять НДС в зачет. За нарушение сроков выписки продавец будет привлечен к административной ответственности. (подробнее Можно ли взять в зачет НДС по ЭСФ оформленной поставщиком с нарушением срока выписки?). В вашем случае необходимо внести изменения в налоговую отчетность, при этом необходимо учитывать период отнесения НДС в зачет в соответствии с датой выписки ЭСФ.