Такое нельзя делать. ЭСФ это электронный документ заверенный ЭЦП который имеет юридическую силу. Это замена бумажному варианту. Вы же не выписываете часть позиций на бумажном носителе. Кроме того налоговые органы уже начинают сверять системы между собой и получиться, что в 300 форме вы одну сумму указали, а в системе ЭСФ другую, вам сразу прилетит уведомление от налоговой почему суммы НДС разные.
На позиции у которых источник не известен ставьте признак 5.