Для чего вы физически удаляете объект? В случае если ЭСФ был отправлен, то удаление из базы ничего вам не дает. Так как оригинал документа остается на сервере ИС ЭСФ.

Как вы его удаляли? Контроль ссылочной целостности не должен быть позволить вам удалить объект при наличии ссылок на него.

Регистр очищается, если ЭСФ откреплен от СФ, а так же при удалении исходного СФ.

Опишите подробнее задачу, которую вы решаете таким образом.