В разделе Журнал счетов-фактур после выбора документа, с которым необходимо выполнить действия, появляется командное меню, в том числе и кнопка
Отозвать. А так же, если открыть электронный счет-фактуру, то в нижнем правом углу формы тоже есть командное меню.