Попробуйте установить фильтр по дате увольнения сотрудника или отбор по сумме (Сумма не равна 0)

Фильтр по актуальности сотрудника не дал вам результата, потому что признак Актуальности в данных сотрудника не связан напрямую с увольнением (не снимается автоматически при увольнении). Сотрудник становится не актуальным и не отображается в списке если вы переместили его данные в архив (чтобы поместить в архив нужно щелкнуть правой клавишей по сотруднику в форме списка - и выбрать "Переместить сотрудника в архив").
Такие сотрудники не отображаются затем в списке сотрудников...

В ведомости не должны отображаться данные по сотрудникам у которых 0 сальдо (при установленном отборе Сумма <> 0). В типовой демонстрационной базе воспроизвести проблему не удалось.
Обратитесь пожалуйста в службу поддержки с более детальным описанием проблемы, скриншотами настройки отчета и результатом отчета, выгруженном в Excel или mxl.