Добрый день!
Правилами выписки ЭСФ не предъявляются какие-либо требования к нумерации ЭСФ. Единственное ограничение - система не позволяет выписывать в течение дня два и более ЭСФ с одним и тем же номером. То есть в течение дня номера ЭСФ должны быть уникальны. Но на следующий день нумерация может быть любой.
Так как в описанной ситуации документы были выписаны, полагаем, что они выписаны в различные даты. Такая ситуация не является ошибочной и не подлежит исправлению.