Как запретить проведение платежных документов при не проведенном документе «Регистрация договора»?

Такой возможности контроля нет, так как во всех документах указывается не документ Регистрация договора, а элемент справочника Договоры контрагентов. Для документов банка и кассы можно настроить контроль через механизм согласования документов Заявки на расходования денежных средств и Планируемое поступление денежных средств.