В качестве одного из вариантов можно рассмотреть следующую схему:
1. Оформить два документа поступления, один из которых  на сумму разрешенного лимита (относится на вычеты, НДС принимается к зачету), второй - на сумму превышения (учесть на транзитном счете, для последующего удержания из з/п сотрудника)
2. Счет-фактура поставщика - общий (его основанием можно указать оба документа ПТУ)
3. С помощью стандартных документов (например, документа Разовые удержания) провести удержание из з/п на сумму превышения лимита. В способе отражения в бух. учете выбрать способ, формирующий погашение с транзитного счета