Код товаров, работ, услуг в ЭСФ заполняется при выписке счета-фактуры в адрес государственного учреждения, если гос. учреждение будет оплачивать сделку с КСН-счета платных услуг.   В этом случае код ТРУ в ЭСФ обязателен для заполнения.

Если гос. учреждение будет оплачивать операцию со счета бюджетного финансирования (а не КСН счета платных услуг), то поле код товаров, работ, услуг не заполняется.

Подробнее в статье «Что необходимо указать в поле «Код товаров, работ, услуг» в разделе" F. Гос.учреждение"документа "Электронный счет-фактура выданный" в случае, если получателем ЭСФ является ГУ?»

Таким образом вам необходимо уточнить у клиента, являющегося гос. учреждением, с какого счета будет оплачиваться операция.