ЭСФ может быть выписан позднее реализации в течение сроков, установленных статьей 263 НК РК (в общем случае 15 дней). То есть это нормальная ситуация.
В соответствии с правилами заполнения формы 300.07:
« 37. В данной форме отражаются счета-фактуры, дата совершения оборота по реализации по которым приходится на отчетный налоговый период».
Следовательно по такой операции поставщик отразит счет-фактуру в реестре 300.07 в том периоде, на который приходится дата совершения оборота по реализации (в периоде оформления реализации). В вашем примере - в 4 квартале 2016 года.
В отношении порядка отражения такой операции покупателем товара ситуация менее определенная (нет прямой нормы, указывающей как заполнить форму в этом случае). В 1С система включит счет-фактуру по такой операции в тот отчетный период, в котором НДС по приобретению был принят к зачету. В вашем примере - в 1 квартале 2017 года.