Нужно ли, перепроводить документы после внесения окончательных изменений в бюджете?

В данном случае,  лучше воспользоваться обработкой Пакетное формирование проводок по бюджетированию.  При выполнении обработки  перепроведение документов не проводится, сохраненные данные документов не изменяются. Проводится лишь переформирование движений по регистрам бюджетирования.