Как настроить программу, чтобы коэффициент индексации при расчете применялся не ко всем видам начислений, а только к основному виду начисления?

Для этого, для вида начисления, к которому не должен применяться коэффициент индексации, в реквизите "Индексация" необходимо указать значение "Не индексируемый заработок".