Почему не удаляется помеченный на удаление объект?

Это означает, что на данный объект программы (документ, элемент справочника и т.д.) ссылаются другие объекты и удаление на данный момент не возможно.

Список не удаленных объектов состоит из двух частей: слева перечень объектов, справа список "Мест использования" (документы и т.д. где используется объект, помеченный на удаление).