Что такое нетиповая конфигурация?

При разработке конфигураций, изначально каждая их них закрыта от редактирования кода, т.е. поставляется «закрытой для редактирования». 

Такая структура базы данных строго регламентирована разработчиком и называется типовой. 

Если необходимо изменить базовый функционал конфигурации (например, требуется доработать определенный документ под потребности организации), то после внесенных изменений в код такая конфигурация автоматически становится НЕтиповой.

Система определяет является ли база данных типовой или нетиповой по внесенным изменениям. Т.е. если в режиме конфигуратора для конфигурации включена опция Включить возможность изменения конфигурации, то такая база становится нетиповой (независимо от того будут внесены какие либо изменения в БД или нет).