Если электронный счет-фактура выписан через Виртуальный склад, то надо ли его дополнительно выписывать в ИС ЭСФ?

Модуль Виртуальный склад – это подсистема ИС ЭСФ (ее часть). 

Электронный счет-фактура как на товары ВС, так и на прочие товары и услуги выписывается в информационной системе ЭСФ. 

Не зависимо от наличия Виртуального склада в интерфейсе регистрируются и хранятся электронные счета фактуры в общем информационном пространстве.

При этом, по ЭСФ, в которых участвуют товары Виртуального склада, при регистрации документа в ИС ЭСФ дополнительно формируют движения в модуле ВС.