В средний заработок при расчете соответствующего вида начисления (отпуск, больничный) включаются не все начисления в конфигурации "Зарплата и управление персоналом".

В данном случае необходимо проверить список видов начислений, которые входят в расчет среднего заработка.
Для этого необходимо зайти в справочник "Средний заработок" (Интерфейс Полный- меню Расчет зарплаты организаций- Настройка расчета зарплаты). В справочнике открыть соответствующий элемент "Заработок для расчета больничных/отпускных" и заполнить список тех начислений которые должны войти в средний заработок.