Сроки уплаты налогов и взносов по заработной плате (ИПН, СН, СО, ОПВ, ОПВР, ОППВ, ВОСМС, ООСМС)

Видимо, потому что вы задекларировали суммы, подлежащие уплате в бюджет, в форме 200.00/910.00 в периоде исчисления, а не удержания налогов? См. подробнее здесь ИПН, ОПВ, ВОСМС. Чем «исчисленная» сумма отличается от «подлежащей к перечислению»?

Вам нужно использовать одинаковый метод и при расчетах заработной платы, и при заполнении налоговых отчетов, и при уплате налогов в бюджет. Если удерживаете в периоде выплаты доходов, но и декларируете в отчетности суммы, подлежащие перечислению, с учет ом удельного веса выплаченных доходов (именно эти показатели из форм отчетности разносятся на ваш лицевой счет и начинают числиться как ваша задолженность).